Počeci Internacionalnog univerziteta Travnik u Travniku datiraju iz 2006. godine osnivanjem Fakulteta za privrednu i tehničku logistiku. Neposredno nakon toga, dobiva se rješenje za otvaranje i početak rada Ekonomskog fakulteta Travnik u Travniku. Uz konstantni i predani rad menadžmenta i stručnog tima fakulteta, Ministarstvo obrazovanja SBK donosi rješenje o otvaranju Saobraćajnog fakulteta Travnik u Travniku. Sa akademskom 2010/2011. sa radom počinje i Ekološki fakultet Travnik u Travniku kojim se studijski program proširuje na nastavno-naučne oblasti biotehničkih nauka. Tako su stečeni uslovi za integraciju Internacionalnog univerziteta Travnik u Travniku (IUT), što je ozvaničeno rješenjem Vlade SBK br. 03-38-2/10-6 od 05.03.2010. godine. Proces integracije završen je u maju 2010. Sa akademskom 2011/2012. sa radom počinju još dvije organizacione jedinice i to Pravni fakultet Travnik u Travniku i Fakultet za medije i komunikaciju Travnik u Travniku, što je ozvaničeno rješenjem Vlade SBK br. 03-38-27/10-7 od 1.10.2010. godine. Od akademske 2013/2014. godine IUT dobiva još dvije organizacione jedinice Fakultet politehničkih nauka Travnik u Travniku i Fakultet informacionih tehnologija Travnik u Travniku koja je ozvaničena rješenjem Vlade SBK br. 03-38-25/12 od 31.05.2012. godine.
Cilj Internacionalnog Univerziteta Travnik u Travniku je da uspostavi saradnju sa elitnim fakultetima u Evropi i svijetu koji će pružiti studentima veću mogućnost izbora i vlastitog uticaja na kreiranje programa koje slušaju i polažu, te studiranje na partnerskim institucijama.
Od samog početka organizacija i izvođenje studijskih programa se temelji na Bolonjskoj deklaraciji.
Nastajanje, rast i razvoj ovog Univerziteta obilježeno je potrebom da se u jednom, geografskom i privrednom smislu vrlo značajnom području, obrazuju stručnjaci koji bi postali osnovni nositelj privrednog razvoja ovog dijela Bosne i Hercegovine. Istodobno, cilj je bio stvaranje nukleusa znanstvene misli i mjesto stalnih inovacija znanja privrednika ovog i susjednih područja. Od osnivanja do danas, na fakultetima IUT je diplomiralo, magistriralo, doktoriralo 3500 studenata od kojih će mnogi postati poznati i uvaženi stručnjaci, a danas se na Univerzitetu obrazuje oko 4000 studenata.
U prostorijama Ministarstva obrazovanja, nauke, kulture i sporta Srednjobosanskog kantona/Kantona Središnja Bosna, 23.05.2016. godine dodijeljena je institucionalna akreditacija Internacionalnom univerzitetu Travnik u Travniku. Akreditacija je formalna potvrda o ispunjenosti kriterija za akreditaciju koje propisuje Agencija za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta. Značaj akreditacije za studente se ogleda kroz postavljanje Univerziteta na domaću i svjetsku listu akreditovanih univerziteta i kroz lakšu i veću mobilnost studenata.
Internacionalni univerzitet Travnik u Travniku je po isteku akreditacije podnio zahtjev za institucionalnu (re)akreditaciju Ministarstvu obrazovanja, nauke, mladih, kulture i sporta SBK koji je proslijeđen Agenciji za razvoj visokog obrazovanja i osiguranja kvaliteta BiH sa prijedlogom za imenovanjem Komisije domaćih i međunarodnih stručnjaka za institucionalnu akreditaciju. Na osnovu izvještaja i mišljenja Komisije stručnjaka za ocjenjivanje i reviziju kvaliteta, da Internacionalni univerzitet Travnik u Travniku ispunjava propisane uvjete i da je ispunio svih deset kriterija za institucionalnu akreditaciju, Agencija za razvoj visokog obrazovanja i osiguranja kvaliteta BiH dala je Preporuku o akreditaciji Internacionalnog univerziteta Travnik, na osnovu kojeg je Ministarstva obrazovanja, nauke, mladih, kulture i sporta Srednjobosanskog kantona dodijelilo Rješenje o institucionalnoj akreditaciji.