U prostorijama Ministarstva obrazovanja, nauke, kulture i sporta Srednjobosanskog kantona/Kantona Središnja Bosna, dana 23. maja 2016. godine, Internacionalnom univerzitetu Travnik u Travniku dodijeljena je prva institucionalna akreditacija. Ova akreditacija predstavlja formalnu potvrdu da Univerzitet ispunjava kriterije za akreditaciju koje propisuje Agencija za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta Bosne i Hercegovine. Značaj institucionalne akreditacije za studente ogleda se u uvrštavanju Univerziteta na domaće i međunarodne liste akreditovanih visokoškolskih ustanova, kao i u omogućavanju veće mobilnosti i lakšeg priznavanja studija.
Po isteku važenja prethodne akreditacije, Internacionalni univerzitet Travnik u Travniku podnio je zahtjev za institucionalnu reakreditaciju Ministarstvu obrazovanja, nauke, mladih, kulture i sporta Srednjobosanskog kantona, koji je proslijeđen Agenciji za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta BiH, uz prijedlog za imenovanje Komisije domaćih i međunarodnih stručnjaka za institucionalnu akreditaciju. Na osnovu izvještaja i mišljenja Komisije za ocjenjivanje i reviziju kvaliteta, utvrđeno je da Internacionalni univerzitet Travnik ispunjava sve propisane uvjete te svih deset kriterija za institucionalnu akreditaciju. Shodno tome, Agencija za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta BiH donijela je Preporuku o akreditaciji Univerziteta, na osnovu koje je Ministarstvo obrazovanja, nauke, mladih, kulture i sporta Srednjobosanskog kantona izdalo Rješenje o institucionalnoj akreditaciji. Dana 23. decembra 2025. godine, u prostorijama Ministarstva obrazovanja, znanosti, mladih, kulture i športa, dodijeljeno je novo Rješenje o institucionalnoj akreditaciji Internacionalnom univerzitetu Travnik u Travniku, koje važi za naredni period od pet godina.